日前，科技部、财政部、国家税务总局发布《关于认真做好2008年高新技术企业认定管理工作的通知》（以下简称《通知》），要求各地认定机构要加强对中介机构的管理。中介机构要严格按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定，以及国家有关专项审计的要求，出具专项审计报告。2009年将正式启用高新技术企业认定专项审计报告的统一格式，2008年已经出具的审计报告不需要重做。
　　按《高新技术企业认定管理办法》的规定，企业申请高新技术企业认定，其近3个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例应符合以下要求：最近一年销售收入小于5000万元的企业，比例不低于6%；最近一年销售收入在5000万元~20000万元的企业，比例不低于4%；最近一年销售收入在20000万元以上的企业，比例不低于3%。其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。企业注册成立时间不足3年的，按实际经营年限计算。此外，企业高新技术产品（服务）收入应占企业当年总收入的60%以上。
　　为证明符合以上条件，企业需提交具有资质的中介机构鉴证的企业近3个会计年度研究开发费用情况表、近3个会计年度的财务报表以及技术性收入的情况表。
　　《高新技术企业认定管理工作指引》规定，从事高新技术企业认定鉴证的中介机构需具备以下条件：具备独立执业资格，成立3年以上，近3年内无不良记录；承担认定工作当年的注册会计师人数占职工全年月平均人数的比例不低于20%，全年月平均职工人数在20人以上；熟悉高新技术企业认定工作的相关政策。
　　目前，各省市已发布了从事高新技术企业认定鉴证的中介机构名单，中介机构主要包括会计师事务所和注册税务师事务所。
　　中介机构在从事鉴证时，对所承担认定工作负有诚信以及合规义务，并对申报认定企业的有关资料信息负有保密义务。中介机构接受企业委托，应依据《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的规定，客观公正地对企业的研究开发费用和高新技术产品（服务）收入进行专项审计，出具审计报告。中介机构应据实出具专项审计报告，如果出现弄虚作假等行为，将被取消参与高新技术企业认定的工作资格，并在高新技术企业认定管理工作网上公告。
　　该《通知》规定，各地科技、财政、税务部门务必抓紧时间，健全工作机制，在严格执行认定工作原则和规程的情况下，对符合条件的企业加快认定工作。要把握工作进度，遇到问题要及时研究解决。全国高新技术企业认定管理工作领导小组办公室将对一些地区进行重点检查。
　　该《通知》还明确，在计算企业拥有的核心自主知识产权时，企业近3年内（至申报日前）获得的核心自主知识产权均视为有效。